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绿脓杆菌(Pseudomonas aeruginosa)

Author: huang

Abstract: 绿脓杆菌是革兰氏阴性杆菌,因为这种绿脓杆菌对养分的需求少,容易在自然界生长、繁殖,尤其可以抵抗多种杀菌剂、消毒剂或抗生素,是目前院内感染的主要致病菌。绿脓杆菌经常由伤口、烧伤部位、外科手术或治疗、检验用各种插管,甚至使用不当的隐形眼镜,而侵入人体。绿脓杆菌对健康的人威胁不大,但经常侵犯囊状纤维瘤患者,或因烧伤、恶性肿瘤而造成免疫力缺失的人,以及因器官移植而使用了免疫抑制药物的病人。 一旦绿脓杆菌

梅克尔多元癌细胞病毒(Merkel cell polyomavirus, MCPyV)导致致命性梅克尔细胞癌机制

Author: huang

Abstract: 经常在皮肤中发现的一种良性病毒能够导致一种罕见的致命性皮肤癌。特别地,梅克尔多元癌细胞病毒(Merkel cell polyomavirus, MCPyV)感染能够导致免疫功能受损的个人患上梅克尔细胞癌(Merkel cell carcinoma)。如今,在一项新的研究中,来自美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院等机构的研究人员发现人体中的一类皮肤细胞是MCPyV的入侵靶标。再者,他们建立一种新方法来

呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus, RSV)

Author: huang

Abstract: 呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus, RSV)属于副黏病毒科的肺病毒属(Pneumovirus),只有一种血清型 [1] 。主要引起6个月以下婴儿患细支气管炎和肺炎等下呼吸道感染,以及较大儿童和成人的鼻炎、感冒等上呼吸道感染。 形态学 病毒形态为球形,直径为120~300nm, [2] 有包膜,基因组为非分节段的单负链RNA,主要编码10种蛋白质,即融合蛋

人乳头瘤病毒 (Human papillomavirus, HPV) 和 EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)

Author: huang

Abstract: 人乳头瘤病毒属于乳多空病毒科乳头瘤空泡病毒A属,是球形DNA病毒,能引起人体皮肤黏膜的鳞状上皮增殖。症状表现为寻常疣、生殖器疣(尖锐湿疣)等。 随着性病中尖锐湿疣的发病率急速上升和宫颈癌、肛门癌等的增多,人乳头瘤病毒(HPV)感染越来越引起人们的关注。 2017年10月27日,世界卫生组织国际癌症研究机构公布的致癌物清单初步整理参考,人乳头瘤病毒6和11型、人乳头瘤病毒β属(5和8型除外)和γ属在

Best practices for variant calling in clinical sequencing

Author: huang

Abstract: - https://www.ebi.ac.uk/sites/ebi.ac.uk/files/content.ebi.ac.uk/materials/2014/140217_AgriOmics/dan_bolser_snp_calling.pdf Common artifacts in NGS alignments that gave rise to a false-positive de nov

SNP-calling method

Author: huang

Abstract: For WGS, total DNA of K. pneumoniae isolates DT1 and DT12 was extracted on a QiaSymphony SP instrument using QiaSymphony mericon extraction kits (Qiagen). WGS libraries were constructed with NEB NextU

run Roary

Author: huang

Abstract: export PERL5LIB=$CONDA_PREFIX/lib/perl5/site_perl/5.22.0/ roary -p 4 -f ./roary -i 95 -cd 99 -s -e -n -v prokka/BK036327/BK036327.gff prokka/SX003539/SX003539.gff prokka/SX010463/SX010463.gff prokka/

RNA-Seq method

Author: huang

Abstract: Total RNA of triplet replicates of five conditions (control, TFEB-WT 3h dox + 21h chase, TFEB-WT 24h chase, TFEB-K3R 3h dox + 21h chase, TFEB-K3R 24h chase) was harvested using XXXX extraction kit acc

NCBI vs. CNCB

Author: huang

Abstract: https://www.ncbi.nlm.nih.gov National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, NationalInstitutes of Health https://www.cncb.ac.cn/ China National Center for Bioinf

Indel calling using freebayes from merged bam

Author: huang

Abstract: ```sh ---------- updated ------------------------ Step 3: replace the readgroup in the bams S1/unique/S1.realigned.bam S2/unique/S2.realigned.bam S3/unique/S3.realigned.bam S4/unique/S4.realigned


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